L’absence d’une philologie classique française est déplorée tout au long du xixe siècle. A travers la dénonciation des faiblesses de l’institution universitaire française s’exprime la revendication d’une réorganisation de l’Université visant à la professionnalisation. Les différences dans l’étude des textes anciens sont toutefois dues aussi à des divergences de conception quant à l’objet même des sciences philologiques. On voit ainsi se dessiner chez Guigniaut une position scientifique originale, qui n’est ni exactement celle de Creuzer qu’il a traduit, ni celle de Hermann. Elle définit les termes d’un paradigme scientifique qui dominera les études classiques en France et réaffirme le caractère symbolique de l’intuition qui est au fondement d’un poème comme la Théogonie d’Hésiode. Ce que le poète a à dire est toujours déjà là. La réflexion scientifique, même quand elle analyse une œuvre particulière, se concentre en réalité sur les questions générales de la symbolisation poétique et non sur sa forme particulière. Plusieurs textes de Victor Cousin posent les enjeux de cette discussion.